İstanbul Çevre Orman Müdürlüğü'nün web sitesinde İstanbul Boğazı'nın ve Marmara Denizi'nin genel özellikleri şöyle tanımlanıyor:
01.05.1982 tarihinde yürürlüğe giren İstanbul Liman Tüzüğü'ne göre İstanbul Boğazı'nın sınırları Kuzeyde Anadolu Feneri ve Türkeli Fenerlerini birleştiren hat ile Güneyde Ahırkapı Feneri'ni Kadıköy İnceburun Mendirek Feneri'ne birleştiren deniz sahası olarak kabul edilir. Uzunluğu 31.7 km (17 deniz mili) olan İstanbul Boğazı'nın eni, Karadeniz girişinde 4.7 km, Marmara girişinde 2.5 km kadar olup en dar yeri ise (Kandilli-Rumelihisarı-Bebek) 700 m genişliğindedir.
Dünyada deniz trafiği en yoğun olan bölgelerden biri olmakla beraber İstanbul Boğazı, Kandilli önlerinde 45 derece ve Yeniköy'de ise 80 dereceye varan 12 keskin ile ve yer yer hızı saatte 7-8 km?ye varan karmaşık akıntıları ile jeomorfoloji ve hidrografi açılarından, üzerinde önemle durulması gereken bir bölgedir. Yani oldukça dar ve kıvrımlı bir yapıya sahiptir.
İstanbul Boğazı'nın su altı topografyası incelendiğinde bir çok çukur ve banklarla (sığlıklar) dolu olduğu görülür. Kuzey-Güney istikametinde boğazı boydan boya kat eden 50 metre izobatı (eş derinlik eğrisi) bir oluk oluşturmaktadır. Boğazın darlaştığı kesimlerde ani derinleşmeler ve çukurlaşmalar görülmektedir.
İstanbul Boğazı, Karadeniz ve Akdeniz gibi birbirinden farklı tuzluluk, sıcaklık v.b koşullara sahip iki denizi birleştirmesi nedeniyle denizel ortam açısından; etkisi altında kaldığı hava kütleleri ve bitki ve hayvan çeşitliliği ile karasal ortam açısından çok özel ekolojik şartlara sahiptir.
İstanbul Boğazı'nı ilgilendiren en önemli oşinografik faktör akıntıdır. Dalgalar, gel-git gibi diğer oşinografik faktörler akıntı kadar İstanbul Boğazı'ndaki deniz trafiği üzerinde etkili değildir. Boğazın fiziki yapısı (dar ve kıvrımlı olması) akıntıların önemini artırmaktadır. İstanbul Boğazı'nda akıntı, diğer boğazlarda da olduğu gibi yağış-buharlaşma ve akarsu girdilerinin etkilerinde hidrolojik koşullar altında gelişir. İstanbul Boğazı'nda akıntı şiddeti Karadeniz?e yağış ve akarsular vasıtası ile olan girdilere bağlı olarak gelişmektedir.
Akıntının üzerine etki eden faktörler; coğrafi yapı, Marmara ve Karadeniz arasındaki seviye farkı, her iki denizin tuzluluk oranlarının farklığı, buharlaşma ve rüzgar olarak sayılabilir.
Karadeniz'den Marmara'ya doğru olan normal akıntı şiddetli lodos rüzgarları altında Marmara'dan Karadeniz'e dönebilmektedir. Yerel olarak orkoz adı verilen bu akıntı gemilerin manevra ve seyirlerini güçleştirmektedir. Karadeniz'den Marmara Denizi'ne doğru akan üst akıntı girdiği koylarda girdaplar halinde döner ve kıyılara yakın bölgelerde Marmara Denizinden Karadeniz'e doğru akan bir dip akıntısı vardır. Bu dip akıntısının deniz yüzeyinden olan derinliği yere ve koşullara bağlı olarak değişir. Bazı yerlerde ve koşullarda deniz yüzeyinin 10 mil altında bulunabilir. Bu nedenle dip akıntısı, su çekimi fazla olan büyük tonajlı gemilerin seyrini ve manevralarını olumsuz yönde etkiler.